このまま全額負担とする？在留手続の手数料値上げで見直したい外国籍社員の更新料負担ルール
改正入管法の施行に伴い、2026年10月より在留手続の手数料が変更となりました。在留資格の変更と在留期間の更新は在留期間に応じて1万円～7.5万円、永住許可は20万円と、旧料金の数千円台から大幅な引き上げとなっています。今回は手数料の補助ルールを会社が検討するにあたり、留意するポイントをお伝えします。
【前提：手数料変更の詳細】
手数料引き上げの対象は
①在留資格変更許可
②在留期間更新許可
③永住許可
の3つとなり、在留資格の新規申請における手数料は据え置きとなります。改正入管法では①②の手数料上限を10万円、③を30万円までの範囲で政府が定めることとされ、2026年8月25日の閣議で具体的な金額が以下に決定しています。
＜在留手続 手数料の新旧比較（窓口申請）＞
手続きの種類 | 旧手数料 （2026年9月30日まで） | 新手数料 （2026年10月1日から） |
① 在留資格変更許可 | 6,000円 | 在留期間に応じ 1万〜7.5万円 ※ |
② 在留期間更新許可 | 6,000円 | 在留期間に応じ 1万〜7.5万円 ※ |
③ 永住許可 | 10,000円 | 200,000円 |
※ 変更・更新の在留期間別（窓口・代表例）：3か月以下=1万円／1年=3万3,000円／3年以上5年未満=6万4,000円／5年以上=7万5,000円。オンライン申請は各区分で別料金（ただし永住許可は窓口申請のみで受付）。
１.会社負担をどこまで受け入れるか
まずは改めて運用設計する上で前提となる各手数料を見ると、新しい手数料は在留期間が長いほど1ヶ月あたりの負担が軽くなる設計になっています。同じ5年分であっても、毎年更新が必要な人と5年の在留期間が認められた人とでは、負担額に2倍以上の差が出ます。
例：
在留期間1年を5回更新する場合 3.3万x5=16.5万
在留期間5年を1回更新する場合 7.5万
⇒1人あたり9万円の差
外国籍従業員を複数名雇用している企業では、この差が人数分積み上がっていきます。何の支給要件も支給上限もなく実費で負担し続けるままだと、年間の負担額がかなり大きくなってしまいます。
当社（寺島戦略社会保険労務士事務所）にも顧問先様から「どの程度会社の負担としている企業が多いですか？」といったご質問も多いですが、負担額が大幅に増額することから、大きな企業様であっても一定上限額（30,000円程度）を設ける等であったり、継続在籍期間に応じて負担額を変える対応も多い印象です。
なお、同一労働同一賃金の観点から雇用形態のみを理由に補助額に差をつけることは避けてください。
会社負担額が決定したら、「在留資格取得・更新費用負担についての内規」のような社内規程にこうした負担額を明記・周知する対応が必要です。
労働基準法89条で食費、作業用品その他の費用を従業員に負担させる場合は、就業規則への記載が必要とされています。ただ就業規則本則で規定せずとも、内規等であっても従業員に周知されている場合「広義の就業規則」としてみることが可能ですのでいずれにせよこうした取り決めは書面化し従業員が見られるように周知しておきましょう。
（継続在籍期間に応じて会社が費用負担する場合の規定例）
会社は、従業員が当社における就労を継続するために行う在留期間更新許可申請の法定手数料について、当該申請日時点の継続在籍期間に応じ、次のとおり負担する。
（1）継続在籍期間1年未満法定手数料から本人負担額20,000円を控除した額
（2）継続在籍期間1年以上3年未満法定手数料から本人負担額10,000円を控除した額
（3）継続在籍期間3年以上法定手数料の全額
２.補助の対象とする手続の範囲を検討する
「在留手続の費用」と一口に言っても補助の目的によって会社がどこまで負担するか、その力の入れようは会社次第です。たとえば日本の大学に留学していた外国籍の学生を採用して日本国内で就労させるといった場合や外国籍の転職者を受け入れる場合、入社時の在留資格変更の手数料をどれくらい負担するかで採用競争力は変わります。
外国人人材の採用を強化している会社であれば、補助を実費で継続するのがベターです。
一方、本人の永住許可の手続きや従業員の家族分の在留期間更新の手続きといった、就業に直接関わらない私的な事情の要素が強いものについては、他の住宅手当や家族手当などといった手当制度や福利厚生とのバランスを見て検討する余地があるといえます。
もし永住許可申請や家族滞在に関するものを負担しないとする場合、これらも内規等で明確化し周知する必要があります。
規定例：
会社負担の対象とならない費用
次の費用については、原則として会社負担の対象外とします。
永住許可申請に関する費用
帰化申請に関する費用
家族滞在、配偶者、子など本人以外に関する在留資格手続の費用
個人的な事情により行う申請に関する費用
個人的な希望で会社が業務上必要とする区分以上の在留資格を申請する場合の費用
その他、会社での就労との関連性が認められない費用全般等
４.早期退職時の返還は可能か？
せっかく多額の補助を行ったのにも関わらず補助を与えた後すぐに退職されてしまうといったケースに対し「補助した後◯年以内に退職した場合、補助した金額を返還すること」と記載したいという企業様もいらっしゃいます。
ただ、こうした取り扱いは労働基準法16条（賠償予定の禁止）に抵触するおそれがあるため避けた方が良いでしょう。
５.まとめ
特に外国籍の従業員を多く雇用する会社にとって、今回の手数料引き上げは大きな関心事となります。今一度制度を見直すのであれば、改正入管法の施行という、比較的従業員に理解を得られやすい時期の内に進めておくのがおすすめです。
今まで制限なく実費で手数料を補助していた場合で今後も継続するのであれば、今後コストが大幅に上がることを理解した上で予算に組み込みましょう。補助ルールを縮小する場合は、現状の社内での建付けを確認した上で手順を踏むのはもちろんのことですが、トラブルを避けるため従業員への説明を丁寧に行うよう心がけましょう。
